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Chimiche, Fisiche e Matematiche

Renzo Linux HPC Cluster: Sottosistema di batch

Il sistema di batch installato su questo cluster e' OpenPBS con un'importante aggiunta; il MAUI scheduler. OpenPBS e' un sistema molto popolare e gratuito di gestione delle code di batch; lo scheduler MAUI, sviluppato al  MAUI supercomputer center, si pone al disotto del sistema di batch e decide l'ordine di esecuzione dei job.

I principali comandi di OpenPBS sono:

qstat -q

shows the configured queues

qsub jobscript

submits jobscript to the queuing system

qstat -a

shows the submitted job

showq

(maui command) shows a more detailed list of submitted job

showbf and showbf -v

(maui command) shows the how many free processors are available

checkjob jobid

(maui command) shows a detailed description of the job jobid

qdel jobid

(pbs/maui command) cancels the job jobid from the queueing system.

showstart jobid

(maui command) gives you an estimate values of the starting time for job jobid

Richiesta di risorse al sottosistema di batch per l'esecuzione di un job:

Le due principali richieste sono: cpu time (walltime=hh:mm:ss) e il numero di nodi (nodes=nn) le richieste vanno inserite nello script di esecuzione del job come da esempio sotto indicato:

#!/bin/sh
#PBS -l nodes=4:ppn=2,walltime=00:30:00
#PBS -V
/shared/mpi/bin/mpirun.ch_gm  ENVIRONMENT=$ENVIRONMENT PBS_JOBID=$PBS_JOBID -np 8 -machinefile $PBS_NODEFILE --gm-kill 5 --gm-no-shmem  your_job.x

 np e' il numero di processi ( ogni nodo ha 2 processori )

NOTA: Nessun carattere di spazio e' consentito fra
nodes=4:ppn=2,walltime=00:30:00



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